במכון, ישנן 2 מחלקות עיקריות.

1. מחלקת מחקר המחזיקה בית הוראה העונה על שאלות מכל התחומים ובעיקר בדיני ממונות. כמו כן תפרסם המחלקה פסקי דין של בית הדין המסונף לכולל בענב, ניירות עמדה ומאמרים אקטואליים.

בסיעתא דשמייא המכון הוציא ספר בדיני ממונות אקטואליים בחודש תשרי תשע"ט.

וכן בשנת ה'תשפא, הוציא המכון ספר הלכה יומית בנושא מצוות התלויות בארץ. שם הספר הוא 'אשר פריו יתן בעתו'.

2. מחלקת בתי ספר בה מלמדים האברכים גמרא בשיתוף עם תלמודי התורה ובתי ספר.

שיטת הלימוד הינה כזו שבה הילדים לומדים סוגיא מהגמרא ועל סמך לימוד זה מקבלים שאלות ומקרים אמתיים הבנויים כסיפור אטרקטיבי לחיי הילדים והגיעו לבית הדין וההוראה.

לאחר מכן דנים הילדים בניתוח ובפסיקה ההלכתית לכל מקרה ומקרה.

צורת הדיון גם היא ייחודית ומרתקת מאד – הילדים, בהנחיית רבני המכון, מקימים בתוך הכיתה בית-דין, 

שבו הילדים הינם הדיינים, העדים ובעלי הדין. כל אחד מ'בעלי הדין' טוען את טענותיו והדיינים-ילדים צריכים לפסוק את הדין,

 כאשר הפסק מבוסס בעיקר על סמך הסוגיא הנלמדת, כמובן שכל ילדי הכיתה בהנחיית רבני המכון מסייעים ומייעצים לדיינים על מנת להוציא פסק דין צודק על פי דרכה של תורה.

וכן על זה הדרך עוד רעיונות ופעילויות.

להלן אנו מצרפים לכם כמה מתוך השאלות אקטואליות שהתבררו בבית המדרש, במכון ובבית הדין של ילדי בית הספר.

· נער דחף את חברו, פגע בפלאפון של חבר נוסף ושברו, מי חייב לשלם?

· שני שותפים שוכרים דירה בשותפות, האם אחד השותפים רשאי להביא אדם אחר במקומו על אף התנגדות חברו?

· אדם שננעל במבנה ציבור בשל תקלה בידית הדלת. בכדי לצאת, הוא שבר את הדלת, האם חייב לשלם?

· אדם הפיל בטעות את משקפיו של חברו על המדרכה. המשקפים נשברו על ידי אדם אחר שדרך עליהם, האם המפיל חייב? האם הדורך חייב לשלם?

· רכב הצלה בנסיעת חרום, נסע ברחוב צר ופגע ברכבים חונים. האם צריך לשלם?

· האם ניתן להסתמך על צילום וידאו כראיה בדיני ממונות?

· טכנאי מכונות כביסה שלא איתר את התקלה, לאחר זמן התברר שאבקת הכביסה הייתה פגומה ולא המכונה. האם זכאי לתשלום?